A Naruto története egy visszaemlékezéssel kezdődik amikor is a Yondaime (4. Hokage) a Kyuubi ellen harcol. Aztán visszacsöppenünk a jelenben, ahol Naruto csínyt követ el. 3. éve nem tud átmenni az osztályozó vizsgán, hogy végre Genin legyen és ha ez még nem elég az egész város ellene van, hisz mindenki tart tőle és ellenségként kezelik. Miután hősiesen megvédte tanárát, Iruka-senseit megkapta tőle a fejpántját és innentől kezdve kezdődött Naruto hosszú ninja útja. Egy csapatba került, Sakura Haruno-val akibe szerelmes és Sasuke Uchiha-val akivel később riválisok lesznek. Sok küldetésen vettek részt és végül mindhárman indultak a Chuunin Választó vizsgán. Itt másik 6 Genin társuk is indult. A vizsga nem úgy ment, ahogy számították. Feltűnt egy Orochimaru nevű lény, aki Sasuke-nak a nyakára tette az Átok Pecsétet. A Chuunin Vizsga végül félbeszakadt és senki nem lett chuunin, vagyis mindenki ezt gondolta. Narutot a Chuunin Vizsga 3. forduló előtt Jiraya (egyike a 3 sannin közül) edzette. Itt még csak az idéző jutsut tanította meg neki. Később amikor elvitte Narutot, hogy megkeressék Tsunadet hisz őt kérik föl, hogy legyen az 5. Hokage megtanítja a Yondaime jutsujat vagyis a Rasengant. Utána Sasuke kihívta, hogy felmérje mennyit tud Naruto mivel piszkálta az orrát, hogy Naruto mennyit fejlődött míg ő szinte semmit sem. Ez a kihívás döntetlennel végződik, mert Kakashi állítja le őket. Ezek után Sasuke elindul Orochimaruhoz, hogy ő képezze. Tsunade Shikamarut kérte meg, hogy szerezzen genineket a faluból és induljanak utána (ő lett az egyetlen chuunin). Akiket összetudott szedni: Naruto, Chouji, Neji és Kiba. Mindegyikőjüknek meggyűlt a bajuk a saját ellenségükkel. Narutonak volt a legnehezebb hisz a barátjával kellett harcolnia. Hosszas harc után végül Sasukenak sikerült elmennie. Ezek után többször próbáltak a nyomára bukkanni, de egyik akció sem járt sikerrel. Jiraya végül elvitte Narutot egy hosszú edzésre, mivel kiderítette Jiraya, hogy 3 év kell Orochimarunak, hogy új testbe kerüljön, ha egyszer már valakijébe beköltözött. És mivel nem tudott várni Orochimaru Sasuke-ra már más testébe beleköltözött. Naruto így elment Jirayaval egy hosszú edzésre, ami végül két és fél év lett.