A sima Naruto széria után 2 és fél évvel játszódik. Itt már mindenki 16-17 éves. Rögtön az elején előre bemutatják mi lesz, ha Naruto és Sasuke drága újra összefut. Majd visszacsöppenünk a jelenbe, ahol Konohamaru és csapata cicavadászaton vannak. Most már ők is geninek. A Hokage irodájában kijelenti, hogy ő lesz a 7. Hokage és mindenki néz, hogy a 6.-ka mi van. Utána kijelenti, hogy a 6. Hokage Naruto lesz. Miután kijöttek az épületből útközben összefutottak Sakuraval, aki útban van a kapuhoz, hogy megnézze, hogy minden rendben van-e. Eközben két ismerős alak lép be Konohaba és elkerülik egymást Sakuraékkal. A kapuőrök mondják, hogy fontos személy visszatért a faluba. Rögtön utánuk mennek és ne adj isten ki voltak azok? Hát persze, hogy Naruto és Jiraya. Kisebb beszélgetés után irány újra a Hokage épülete. Itt kiderül, hogy Narutonak meg kell valakivel mérkőznie. Tippelget, de nem jön össze neki. Végül kiderül, hogy az ellenfele nem más, mint Kakashi. A mindig vicces tanáruk pedig kijelenti, hogy Sakura is harcolni fog. A csatát másnapra rakták, hogy Naruto tudjon pihenni. Másnap Sakura és Naruto már Kakashira várt a harcmezőnél. Mint mindig most is késett. A harc színhelye az a hely, ahol régen volt az első kiképzésük. A feladat pedig egyszerű: el kell venni a csengőket Kakashitól. A csata kimenetele kivételesen most máshogy végződött. Sakura és Naruto nyert egy kisebb cselszövéssel. Ebben a szériában az Akatsuki mozgásba lendül és első célpontjuk Gaara. A rablást Deidara és Sasori végzi. Nyomukba erednek Narutoék. A mentőakció félig sikeres volt, hisz Gaarat megmentették (na jó ehhez újjá kellett éleszteni), viszont az egyfarkút (Ichibi)elvesztették. Sasorit saját nagyanyja ölte meg, Chiyo. Ő mentette meg Gaara életét, de ezzel saját életét áldozta fel. Ezek után kapott a Team Kakashi egy új csapattagot Sai személyében, illetve egy új sensei is jött , mégpedig Yamato. Sai-jal elég nehezen békél meg Sakura és Naruto is. Az új küldetés pedig nem más minthogy megtalálják a drága Sasuket. Ez az akció is sikertelen lett. A következő haditerve az Akatsukinak a kétfarkú (Nibi) elfogása. Két új tagjuk jelenik meg Kakuzu és Hidan. Asuma halálát Hidan okozza. Shikamaruék bosszút állnak egy biztos tervvel a kezükben Hidanék után indulnak. Shikamaru ’megöli’ Hidant, Naruto pedig Kakuzut az új technikájával, a Fuuton Rasen Shurikennel. Újabb célpont at Akatsukinak a háromfarkú (Sanbi). Ezt a küldetést Deidara és Tobi bégzi. Szegény Deidara agyára megy Tobi, így egy időre külön is válnak. Naruto találkozik egy furcsa kissráccal, Yuukimaruval. Később kiderül, hogy ő a kulcs a Sanbi erejéhez. Megjelenik egy kristályhasználó is, akiről kiderül, hogy ő ölte meg anno Yuukimaru anyját. A srác ezek után is Gurennel akar maradni. A küldetés ismét sikertelenül végződött. Ezek után ismét Sasuke után erednek. Eközben Sasuke megelégeli Orochimarut és végez vele vagyis majdnem végez vele. Pontosabban elnyeli Orochimarut. Azután elmegy 3 társért, akik Orochimaru ’rabjai’ voltak. Név szerint: Suigetsu, Karin és Juugo. Ezután megalakul a Hebi (kígyó). Miután Sasuke megöli bátyját és megtudja az igazságot Tobitól, akiről kiderül, hogy Uchiha Madara (hát igen nehéz elhinni, de ő a nagy Uchiha Madara). Ezek után Konoha pusztulását akarja és a csapatának nevet változtat és Taka lesz (sólyom). Végül Akatsukinak is beállnak és Tobi a 8 farkúért küldi őket. Itt majdnem életüket vesztették, de idejében sikerült elmenekülniük. Pain és Konan pedig a Kyuuniért mentek. Naruto hosszú harc után legyőzte az összes Paint és Nagatohoz ment. Itt hosszas beszélgetés után Naruto úgy döntött, hogy nem öli meg Nagatot ezzel igazat adva neki. Nagato segített Narutonak és az összes Konohainak, akitől elszívta a lelkét visszaadta nekik, de ez az életébe került. Konan hazatért és elvitte magával a holttesteket, de mielőtt elment volna adott egy csokor virágot papírból Narutonak és megmondta neki, hogy ha segítségre van szüksége hozzá és falujához nyugodtan fordulhat. Ezek után elkezdődött Konoha újjáépítése és egy nem közkedvelt embert neveztek ki 6. Hokagenak. A Raikage bosszút akar állni öccséért így Konohahoz fordulnak segítségért, hogy öljék meg Sasuket. És ezek után kezdődik igazán a bonyodalom, hisz Narutoék lázadni készülnek.